1.Способ

Если вы собираетесь использовать свой домен только для почты, то вам надо просто зарегистрироваться тут
http://pdd.yandex.ru/
и добавить свой домен.
Не забудьте указать в панели управления доменом следующие ns сервера:
Первичный DNS-сервер: dns1.yandex.ru
Вторичный DNS-сервер: dns2.yandex.ru

Вот и все.

2. Способ.
Если вы используйте домен, который, к примеру, у вас на сайте, и вы хотите сделать в этом домене почтовый ящик, то вам придется сделать чуть больше чем в первом способе.

1. Регистрируйтесь тут: http://pdd.yandex.ru
2. Далее создаете поддомен имя(которое просит яндекс) и указывайте CNAME-запись на mail.yandex.ru.
3. Теперь создаем mx-запись на домен mx.yandex.ru. с приоритетом 10.

Для тех, у кого есть свой dns сервер, но нет веб-интерфейса.
Заходите в файл с вашим доменом и добавляете строки:
Имя (который просил яндекс). 14400 IN CNAME mail.yandex.ru.
Ваш-домен.ру. 14400 IN MX 10 mx.yandex.ru.

Сохраняете и перезапускаете dns сервер.
После того как вы подтвердите права на домен, то вы смежите создавать почтовые ящика